4月3日にMotoGP2016世界選手権・第2戦アルゼンチンGP（テルマス・デ・リオ・オンド／アルゼンチン、１周：4.806km）が開催され、Repsol Honda Teamのマルク・マルケスが優勝。Movistar Yamaha MotoGPのバレンティーノ・ロッシは、トップを追撃したものの届かず２位に終わった。
予選セッションでポールポジションを獲得したのは、ホンダ陣営のマルケス（1分39秒411）。決勝当日のコースコンディションは、気温25度・路面温度30度。
決勝レースは前段のフリー走行時に、スコット・レディング（ドゥカティ）のリアタイヤトラブルに対して、ミシュランが問題となったタイヤを回収、換わりに新たなリアタイヤを供給。
このタイヤ変更により、決勝前に30分間の追加セッションを設けることになったのだが、この追加セッションがウエットコンディションとなったことからセッション自体がキャンセル。ウォームアップ走行を10分間延長することにした。
しかし、そのウォームアップ走行自体もウエットコンディションとなったことから、さらにレースを20周に減算し、9・10・11周目のいずれかの終わりに、ニュータイヤを履いたマシンに交換するルールが導入された。
肝心の午後のコース自体は、一部に水たまりが残るものの、ほぼドライコンディションでのスタートとなった。
まずオープニングでトップに立ったのは、ホルヘ・ロレンソ（ヤマハ）、しかしすぐさまバックストレートでアンドレア・ドビジオーゾ（ドゥカティ）がトップを奪い、バレンティーノ・ロッシ（ヤマハ）並びにマルケス（ホンダ）とのトップ争いが始まった。
3周目にマルケスが、ロッシ、ドビジオーゾを攻略してトップに浮上。しかしこの上位３人にアンドレア・イアンノーネ（ドゥカティ）、マーベリック・ビニャーレス（スズキ）追いつき5人の争いとなる。一方ロレンソは、この時点で転倒リタイアに終わっている。
その後もトップ集団は、バトルを展開していたが、次第にドビツィオーゾ以下のライダー達が後退し、ロッシとマルケスの首位争いに突入する。
そして10ラップ目を終えた時点で両者がピットイン。しかしロッシは、このマシン乗り換えのパートで、T・ラバト（ホンダ）に前をふさがれて後退。一方、マルケスはマシン交換に成功して1分40秒台のラップを重ねて首位を独走した。
マシン交換時のトラブルで、ビニャーレス、イアンノーネ、ドビジオーゾの３人に追いつかれたロッシは、コース上に於いても彼らの処理に手間取り、最終コーナー手前でようやく2位を獲得してチェッカーを受けた。トップとの差は7.679秒。
これでマルク・マルケスは、当地で2年振りの2勝目、最高峰クラスで25勝目（歴代9位タイ）、キャリア通算51勝目（歴代8位タイ）を挙げてポイントリーダーとなった。
ロッシは、20ポイントが加算され合計33ポイントを積み上げてシリーズランキング2位。
決勝の３位には、スタート直後に他車と接触して大きく後退。諦めずに追い上げてきたダニ・ペドロサ（ホンダ）となった。